Doğumsal kalp hastalıklarının belirtileri çok çeşitlidir ve yaşa göre de değişiklikler gösterir. Yenidoğan bebekler ile erken bebeklik çağında sıklıkla morarma (özellikle ağladığında ve beslenirken olan), emerken yorulma, kilo alamama, nefes darlığı, aşırı terleme gibi şikayetler ortaya çıkar.
Daha büyük çocuklarda dil ve dudakta morluk, tırnaklarda morluk, morluk ve yorulma sonucu çömelme, nefes darlığı, düz yolda yürürken çabuk yorulma, aşırı terleme, nefes darlığı şikayetleri olur.
Sık akciğer enfeksiyonları, öksürük, çarpıntı, bayılma gibi şikayetler de olabilir. Bu türlü şikayetler olduğunda çocuk kardiyoloji bölümüne başvurulması gerekir.