Embriyo transferinden sonra elimizde halen iyi kalitede embriyo varsa dondurularak saklanması mümkün . Taze sikluslarda en iyi şartlarda %45-60 arası değişen gebelik oranları, aynı oranda hastanın da gebe kalamayacağı anlamına gelmektedir. Bu nedenle eğer hastanın dondurulup saklanmaya imkan verecek sayı ve kalitede embriyosu varsa hasta, olası bir başarısızlık sonrasında tekrar aynı ilaçları kullanmak zahmetinde kalmadan transfer şansına sahip olabilmektedir.

Tüp bebek tedavisi sırasında endometrium iyi gelişmese Embriyoların dondurularak saklanması ve sonraki aylarda endometrium iyileştirilerek embryo trasferi yapılır. Embriyoların dondurularak saklanması nın en önemli getirisi, başarısız olgularda 2. defa yapılacak tüp bebek işlemlerine kıyasla tedavi maliyetlerini belirgin olarak azaltmasıdır. Bir diğer avantajı da 2. bebeklerini isteyen çiftlere daha az zahmet ve maliyetle bu şansı vermesinden kaynaklanmaktadır. Ayrıca embroda genetik tanı yapılacağı zaman embryo biyopsisi sonrası sonuç çıkıncaya kadar Embriyoların dondurularak saklanması gerekir. Ayrıca yumurta sayısı az olanlarda embryo pooling yani embryo havuzu oluşturup sonra genetik tanı yapmak için de embryolar dondurularak saklanır. Bu güne kadar dondurulup çözülen embriyo transferlerinden sonra gelişen ve doğan bebeklerde konjenital anomali oranında bir artış izlenmemiştir. Ülkemizde dondurulan embriyoların saklama süresi yasal olarak 5yıl ile sınırlandırılmıştı artık daha uzun saklanabiliyor.